Jumalan Kaupunkissa pääosassa ei ole henkilö vaan paikka, yksi Rio de Janeiro vaarallisimmista asuinalueista. Kertoakseen tämän paikan tarinan elokuva kertoo useiden henkilöiden tarinan. Tapahtumien todistajana toimii kertoja: Busca-Pé, köyhä musta poika, joka on liian heikko ja pelokas ryhtyäkseen rikolliseksi mutta myös liian fiksu ryhtyäkseen alipalkattuun työhön. Hän kasvaa hyvin väkivaltaisessa ympäristössä, joka ei tarjoa juuri mahdollisuuksia.